- Η Θαυματουργή Εικόνα του Αγίου Σπυρίδωνος: Αποτελεί το επίκεντρο της λατρείας και της ετήσιας λιτάνευσης. Η εικόνα θεωρείται θαυματουργή, έχοντας διασωθεί ανέπαφη από τη μεγάλη πυρκαγιά που ξέσπασε στον ναό το 2002.
- Ξυλόγλυπτα Τέμπλα: Ο ναός διαθέτει εντυπωσιακά τέμπλα, τα οποία αποτέλεσαν αντικείμενο εξειδικευμένων μελετών συντήρησης από το Κεντρικό Συμβούλιο Νεωτέρων Μνημείων.
- Ιστορικά Θεμέλια: Τα θεμέλια της αρχικής μονής (που ανάγονται στον 11ο αιώνα), πάνω στα οποία οικοδομήθηκε ο σημερινός ναός, αποτελούν το σημαντικότερο αρχαιολογικό κατάλοιπο της περιοχής.
Το πιο γνωστό σύγχρονο γεγονός που αναφέρεται ως θαύμα συνέβη τον Σεπτέμβριο του 2001 (και συνδέεται συχνά με τις εργασίες του 2002). Κατά τη διάρκεια πυρκαγιάς στο εσωτερικό του ναού, κοντά στην είσοδο του καμπαναριού, οι φλόγες κατέστρεψαν μεγάλο μέρος του διακόσμου, όμως η κεντρική εικόνα του Αγίου παρέμεινε ανέγγιχτη.
Πέρα από τον θρησκευτικό του χαρακτήρα, ο χώρος έχει και τεράστια πολιτική σημασία: στα ερείπια του παλαιού ναού πραγματοποιήθηκαν το 1835 οι πρώτες δημοτικές εκλογές, όπου εξελέγη ο πρώτος Δήμαρχος Πειραιά, Κυριάκος Σερφιώτης.















