Αρχικά ο ναός φέρεται να ήταν αφιερωμένος στη Παναγία Σώτειρα και όχι στην Μεταμόρφωση του Σωτήρος Χριστού μας. Η προσωνυμία Κοττάκη οφείλεται στο οικογενειακό όνομα της αντίστοιχης οικογένειας, η οποία είτε ανήγειρε το ναό εξαρχής είτε απλά τον κατείχε κατά το διάβα των αιώνων. Ο ναός έχει συνδεθεί με μια από τις σελίδες της ελληνικής επαναστάσεως. Στο ναό έχουν χρησιμοποιηθεί πολλά αρχιτεκτονικά μέλη σε δεύτερη χρήση. Για παράδειγμα έχουν χρησιμοποιηθεί τρία κιονόκρανα κορινθιακού ρυθμού των ρωμαϊκών (ανατολικοί κίονες) και πρωτοβυζαντινών χρόνων (βορειοδυτικός κίονας) και μια αναποδογυρισμένη αττική βάση. Οι ανατολικοί κίονες είναι οι αρχικοί και είναι μονολιθικοί, με μείωση της διαμέτρου στην κορυφή ύψους περίπου 4 μέτρων. Οι δυτικοί αντικαταστάθηκαν για λόγους σταθερότητας. Στο νότιο παρεκκλήσι βρίσκεται τμήμα υστερορωμαϊκής πλάκας. Άξια προσοχής είναι η σωζόμενη έως σήμερα (στο μικρό κήπο του ναού) η μαρμάρινη βρύση του 17ου αιώνος μ.Χ., από την όποια υδρευόταν ολόκληρη η συνοικία. Επίσης, στη δυτική αυλή μπορεί να απαντήσει κάποιος διάφορα αρχαία αρχιτεκτονικά μέλη. Στη σημερινή της μορφή η εκκλησία είναι τρισυπόστατη, έχει δηλαδή και δύο παρεκκλήσια, δεξιά του Αγίου Γεωργίου (στο όποιο, κάτω από τη μωσαϊκή εικόνα του Αγίου Αποστόλου Ανδρέα του Πρωτοκλήτου σώζεται μισό μαρμάρινο σκαλιστό θωράκιο του παλαιού τέμπλου), και αριστερά του Αγίου Δημητρίου (στο οποίο έχει τοποθετηθεί η εικόνα της Παναγίας της Οδηγήτριας, έργο του 16ου αι., προσφορά της οικογένειας Κ. Θεοφίλη). Το σημερινό από πεντελικό μάρμαρο τέμπλο, περίπου παλαιοχριστιανικής μορφής, είναι έργο του Μ. Σκαρή και κατασκευάστηκε κάτω από την επίβλεψη του βυζαντινολόγου Καθηγητή του Πανεπιστήμιου και Ακαδημαϊκού Αν. Ορλάνδου.
ΓΡΑΦΕΙ ΓΡΗΓΟΡΗΣ ΤΣΟΥΚΑΛΑΣ ΦΩΤΟΓΡΑΦΙΚΟ ΥΛΙΚΟ ΓΡΗΓΟΡΗΣ ΤΣΟΥΚΑΛΑΣ
