Ο Ιερός Ναός Γεννήσεως Θεοτόκου, που συνήθως αποκαλείται από τους κατοίκους του Γαβαλοχωρίου απλά ως «Παναγιά», είναι στην πραγματικότητα δύο εκκλησίες, η μία ως μεταγενέστερη προσθήκη στην άλλη. Ο ναός της Γεννήσεως της Θεοτόκου, που χτίστηκε το 1628, είναι ο αρχικός ναός και βρίσκεται στα δεξιά, όπως βλέπετε την εκκλησία. Ο ναός του Αγίου Χαράλαμπου βρίσκεται στα αριστερά και προστέθηκε αργότερα. Οι δύο κίονες στην αριστερή εκκλησία προέρχονται από τον αρχαιολογικό χώρο με το ψηφιδωτό δάπεδο, που βρίσκεται πάνω στον κεντρικό δρόμο, ακριβώς δυτικά της Αλμυρίδας (δυστυχώς, δεν υπάρχει εξήγηση για την προέλευση των ψηφιδωτών και τη χρονολόγησή τους). Το 1770, το χωριό χτυπήθηκε από πανούκλα και σχεδόν οι μισοί από τους ντόπιους πέθαναν και θάφτηκαν σε ομαδικούς τάφους, στο νεκροταφείο γύρω από την εκκλησία της Γεννήσεως Θεοτόκου. Λόγω της ευκολίας με την οποία εξαπλώθηκε η ασθένεια, οι ιερείς δεν παρευρέθηκαν στις νεκρώσιμες ακολουθίες, τελώντας τις κηδείες. Λέγεται όμως ότι, εμφανίστηκε ο Άγιος Χαράλαμπος, στον οποίο προσευχήθηκαν οι χωριανοί ζητώντας την προστασία του. Κατόπιν, η πανούκλα τελείωσε.. Το 1818, Τούρκοι άνδρες, που κατοικούσαν στο Γαβαλοχώρι, κατέλαβαν τον ναό της Γεννήσεως της Θεοτόκου. Ο ιερέας, Αντώνιος Φρονιμάκης, σκότωσε τρεις από αυτούς, γεγονός που έβαλε τέλος στην κατοχή και εμπόδισε την εκκλησία από το να μετατραπεί σε τζαμί. Η μνήμη του ιερέα τιμήθηκε σε μια από τις ανοικοδομήσεις της εκκλησίας, που έγινε μεταξύ 1848 και 1887, όταν και χτίστηκε μια νέα πύλη, στο σημείο όπου βρισκόταν η παλιά. Επόμενες ανακαινίσεις περιλάμβαναν την κατασκευή του καμπαναριού. Όπως αναφέρθηκε, ο ναός του Αγίου Χαραλάμπους θεωρείται συνέχεια του ναού της Γεννήσεως της Θεοτόκου. Η χρονολογία κατά την οποία προστέθηκε είναι άγνωστη, αλλά πιθανότατα προστέθηκε λόγω του σημαντικού ρόλου που έπαιξε ο Άγιος. οι ντόπιοι έφεραν στο χωριό τους την Αγία Ζώνη της Παναγίας, που είχε μεταφερθεί από το Άγιο Όρος στο Ρέθυμνο, και έκαναν κύκλους στο χωριό κουβαλώντας την. Και σε αυτήν την περίπτωση τελείωσε η πανούκλα, με το θαύμα να αποδίδεται και στον Άγιο Χαράλαμπο και στην Παρθένο Μαρία.
